Madrasah ini mula ditubuhkan pada November 2004 di kawasan perumahan Kampung Rawa oleh Ustaz Najibur Rahman bin Hannif Baba, yang juga merupakan seorang pengamal perubatan homeopati.

Pada tahun 2006, dengan keberkatan Allah S.W.T., madrasah ini telah mencapai satu hasrat penting apabila pihak pentadbiran Kastam bersetuju bersama pihak madrasah untuk menggunakan serta memelihara bangunan surau.

Seterusnya, pada tahun 2008, madrasah ini secara rasmi didaftarkan. Perasmian telah diadakan pada 14 Oktober 2008 oleh Guru Agama Khutubul Mashaik Sarkar Noori Syed Mohamed Ariffudin Jelani Qibla D.B. dari Hyderabad, yang merupakan pengasas dan ketua guru besar Unani Research Centre serta Jammiah Ariffi Noori.

Sehingga tahun 2025, madrasah ini telah berusia 21 tahun